1000話を超える『名探偵コナン』のアニメ。 「面白いのは分かっているけど、全部見る時間はない…」 「黒ずくめの組織との対決（本筋）だけを、手っ取り早くイッキ見したい！」
そんな、仕事や育児などで限られた時間の中で効率よく（タイパ重視で）コナンの本筋を楽しみたい方に向けて、「絶対に飛ばしてはいけない最重要回」だけを厳選して時系列でまとめました。
この記事のリスト順に見るだけで、ジン、ベルモット、バーボン、そしてラムなど、組織の重要メンバーが暗躍するメインストーリーの全貌を完璧に把握できます。
第1章：組織との遭遇〜灰原哀の登場
まずは物語の始まりと、組織を抜けた最重要キャラクター「灰原哀」が合流するまでの初期エピソードです。
1. 第1話「ジェットコースター殺人事件」
すべての始まり。高校生探偵の工藤新一が、ジンとウォッカの怪しげな取引を目撃し、毒薬（APTX4869）を飲まされて幼児化してしまう伝説の第1話です。
2. 第128話「黒の組織10億円強奪事件」
灰原哀の実の姉である「宮野明美」が登場する重要回。この事件の結末が、のちの赤井秀一や灰原の行動原理に深く関わってきます。
3. 第129話「黒の組織から来た女 大学教授殺人事件」（2時間SP）
組織の元研究員「シェリー」こと、灰原哀の初登場エピソード。彼女がコナンたちの仲間に加わり、本格的に組織との対決が幕を開けます。
第2章：ベルモット編〜FBIの登場
組織の幹部であり、新一や蘭とも因縁がある「ベルモット（千面魔女）」との息詰まる攻防戦です。
4. 第176話〜第178話「黒の組織との再会」
コナンと灰原が、ジンやベルモットら組織のメンバーと直接対決するハラハラ感MAXのエピソード。灰原が元の姿（シェリー）に一時的に戻る名シーンもあります。
5. 第345話「黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー」（2時間半SP）【★超神回】
ベルモット編のクライマックスであり、コナンファンの間で「最も面白い」と語り継がれる伝説の回。FBI（ジョディ先生など）の正体や、複雑に絡み合った伏線が一気に回収される怒涛の展開は必見です。
第3章：キール・バーボン編〜赤井秀一の因縁
ここからは「組織への潜入スパイ（ノック）」たちが入り乱れ、誰が敵で誰が味方か分からない高度な頭脳戦に突入します。
6. 第425話「ブラックインパクト！組織の手が届く瞬間」（2時間半SP）
凄腕スナイパーのキャンティとコルン、そしてアナウンサーの顔を持つ水無怜奈（キール）が初登場。毛利小五郎に組織の牙が剥くスリリングな展開です。
7. 第491話〜第504話「赤と黒のクラッシュ」シリーズ
FBIと黒の組織が真っ向から激突する長編シリーズ。このラストで描かれる「赤井秀一の最期」が、その後の物語の最大の謎となります。
8. 第701話〜第704話「漆黒の特急（ミステリートレイン）」
組織の探り屋「バーボン」の正体が遂に判明する特大エピソード。怪盗キッドも巻き込み、密室の列車内でベルモットやバーボンと対決します。
9. 第779話〜第783話「緋色」シリーズ
『赤と黒のクラッシュ』で残された最大の謎（赤井秀一の死の真相）が明かされ、安室透（バーボン）の「本当の目的」が明らかになる超重要シリーズです。
第4章：ラム編（現在）
そして物語は、組織のNo.2である「RUM（ラム）」の正体に迫る最新章へと続きます。
10. 第1077話〜第1079話「黒ずくめの謀略」
FBI連続殺人事件を発端に、コナン・FBI vs 黒の組織の全面戦争が勃発。そして長年謎に包まれていたNo.2「ラム」の正体が遂にアニメで確定する、現在最もホットな最重要回です。
結論：黒ずくめの組織をイッキ見するなら「U-NEXT」一択
黒ずくめの組織が絡む本筋のエピソードは、前後編や長編シリーズが多く、伏線が非常に複雑に絡み合っています。
途中でCMに邪魔されず、自分のペースで伏線を回収しながら全話イッキ見するなら、31日間無料の「U-NEXT」を使うのが一番賢い方法です。
さらに、U-NEXTの無料トライアルに登録すると「600円分のポイント」がもらえるため、アニメの続きが気になったらコナンの最新刊を1冊無料で読むことも可能です。
休日の時間を使って、コナン最大の魅力である「黒ずくめの組織」との激闘を最速で追いついてしまいましょう！
※本ページの情報は2026年4月時点のものです。最新の配信状況はU-NEXTサイトにてご確認ください。